כשנגיף חודר לגוף הוא ממהר להיכנס לתוך תא הפונדקאי שלו כדי לחמוק מתגובת המערכת החיסונית אליו. בתוך התא הוא חופשי לשעבד את משאבי התא ולהתרבות באין מפריע ולשחרר החוצה העתקים שלו שידביקו תאים אחרים של הגוף.

מבחינת מערכת החיסון, הנגיפים הם צרה צרורה ועליה לחסל באופן מיידי וממוקד את התאים הנגועים בהם. אך חשוב גם להימנע מלחסל תאים בריאים על הדרך. לשם כך קיים מנגנון תוך-תאי שתפקידו לאותת למערכת החיסון שהתא נגוע ושצריך לחסלו.

הסרטון מסביר כיצד פועל המנגנון לזיהוי פלישה נגיפית בתא:

החלבון הנגיפי מוצג לראווה

כל התאים בגוף מכילים מנגנון שמשמש כמעין חלון ראווה תאי שנועד לאפשר לתאי מערכת החיסון לזהות מבנים חריגים שמעידים על זיהום תוך-תאי. עקרון הפעולה שלו מבוסס על פירוק אקראי של חלבונים בתא והצגת חלקיקיהם על גבי קולטנים מיוחדים בממברנת התא. כשנגיף פולש לתא, הוא משעבד מיד את מערכות השעתוק והתרגום של החלבונים בתא כדי ליצור כמה שיותר עותקים של עצמו. מטבע הדברים, במצב כזה אחוז החלבונים הנגיפיים בתא יהיה גבוה, על כן סביר להניח שעד מהרה הם יעברו את מערכת התצוגה ויוצגו לראווה כלפי חוץ.

תאי הרג מסוג T ממלאים תפקיד חשוב בזיהוי מבנים זרים על תאי הגוף ובחיסולם המיידי – להבדיל מתאי הרג טבעיים שממלאים תפקיד שונה מעט. תאי ההרג עוברים תהליך ברירה טבעית במסגרת מנגנון ברירת השבטים שמקנה לגוף מגוון רב של תאים שיכולים לזהות כמעט כל מבנה זר. תאי ההרג מסוג T יודעים לזהות רק מבנים זרים, כלומר חלבונים שהתא אינו מייצר באופן נורמלי. כשתא T מזהה תא נגוע, הוא נקשר אליו ומפעיל קולטן שמעורר את מנגנון המוות התאי המתוכנן.

כחלק ממירוץ החימוש שלהם מול מערכת החיסון פיתחו הנגיפים אסטרטגיות שונות להתגבר על המנגנון הזה. אפשרות אחת שבה הם נוקטים היא הפצה ויראלית מהירה ואלימה שאינה משאירה למערכת החיסון ההזדמנות לזהות את התא הנגוע לפני שהוא ישחרר במהירות המירבית כמה שיותר נגיפים חדשים למחזור הדם.

אסטרטגיה אחרת היא הטמעה של הגנום הנגיפי בגנום של התא, כך שהוא נשאר רדום במשך פרק זמן מסוים שבמהלכו התא ממשיך להתקיים ולהתחלק. כשמתקבל אות כלשהו, למשל בעקבות מצב לחץ (עקה) שעשוי להעיד על חולשה של מערכת החיסון, הגנום הנגיפי עובר שעתוק ותרגום מהיר ומשחרר נגיפים רבים למחזור הדם. דוגמה לנגיף שמשתמש במנגנון הזה הוא ההרפס.