בתחילת המאה ה 19 בתי החולים באירופה היו המקום אליו הגיעו כדי למות. בעידן בו רופאים לא הכירו בפתוגנים, חיידקים וזיהומים כגורמי מחלה, לא שטפו ידיים בין בדיקת חולה אחד לאחר, הקיזו את דמם של חולים כטיפול נפוץ ורשמו חומרים רעילים כתרופות - אלו שיכלו להרשות לעצמם טיפול רפואי, במקרים רבים, רק החישו את מותם וקיצרו את סבלם. אלו הימים בהם הניח סמואל האנמן את היסודות לשיטת הטיפול הידועה כהומאופתיה. האנמן לא האמין בשיטות המקובלות כמו הקזת דם שנועדה לאפשר ל"חומרים הרעים" בדם לצאת. הוא האמין כי יש לסייע למה שהוא כינה "כוח החיות" שבאדם לשוב לאיזון וכי חוסר הרמוניה באותו כוח הוא הגורם האמיתי למחלות. אם כן, לא מפליא שבתקופה זו הגישה הטיפולית אותה פיתח האנמן זכתה להצלחה רחבה וביססה את עצמה כאלטרנטיבה לרפואה המסורתית. למעשה, האנמן לא היה צריך לעשות הרבה כדי שלפחות חלק ממטופליו יפגינו שיפור ניכר ביחס למטופלים בשיטות הסטנדרטיות. די היה בכך שלא ירעיל אותם ולא יקיז את דמם או למעשה שלא היה עושה דבר. במאתיים השנים שחלפו מאותם ימים הרפואה הקונבנציונלית עברה שינויים רבים הודות ליכולת להבין מהם גורמי המחלות ומהן הדרכים להתמודד איתם. מנגד, ההומאופתיה המשיכה לדבוק בעקרונות אותם הניח האנמן גם לנוכח תגליות מדעיות רבות המעמידות אותם בספק.
להומאופתיה מספר עקרונות בסיסיים, רובם מבוססים ישירות על שיטותיו וכתביו של האנמן. העיקרון המרכזי גורס כי "דומה מרפא דומה", וזהו הבסיס לשיטת ה"פרובינג" בה מאומתים ונבדקים חומרי הריפוי ההומאופתיים. האנמן עצמו האמין כי על מנת לרפא סימפטומים מסוימים על המטפל לעשות שימוש בחומר הגורם לאותם סימפטומים ממש. כיוון שכך, תהליך האימות לא יכול להתבצע על חולים המפגינים כבר את הסימפטומים, אלא על אנשים בריאים ונטולי סימפטומים בלבד. מאז ועד היום השיטה בה נבדק חומר הומאופתי היא נטילתו על ידי אנשים בריאים ותיעוד הסימפטומים במשך שבועות וחודשים. אחד משלבי הטיפול ההומאופתי כולל הערכה של הסימפטומים ומציאת החומר הגורם להם באנשים בריאים. חומר זה יהיה למעשה התרופה אותה יתן המטפל לחולה.
אך הדברים אינם כה פשוטים. העקרון הבסיסי השני לפיו פועלת הרפואה ההומאופתית מבטיח כי אותו חומר כלל לא יגיע אל החולה. למעשה, בתרופה הומאופתית אין כלל חומרים פעילים, אלא רק מים ואת המרכיבים הבלתי פעילים המשמשים לייצור הגלולה המוצקה עצמה. האנמן האמין כי על מנת שהטיפול יהיה יעיל יש לתת לחולה תמיסה המכילה את הכמות המינימלית ביותר מהחומר הגורם לסימפטומים. לשם כך הוא המליץ על דילול חוזר ונשנה של תמיסה המכילה את אותו חומר, עד לדילול של 1:1060 מהריכוז המקורי.
באותה תקופה עוד לא הכירו לעומק את המונחים הכימיים והפיסיקליים של מולקולות ואטומים כפי שאנו מבינים אותם כיום. אמדאו אבוגדרו עוד לא ניסח עקרון "גבול אבוגדרו", אשר בזכותו אנו יודעים כי כאשר חומר עובר דילול של מעבר ל 1:1024 כבר כלל לא מובטח כי התמיסה מכילה מולקולות מהחומר המקורי. ככל שהדילול גבוה יותר (והומאופתיה עושה שימוש בדילולים גבוהים בהרבה מ 1:1024) כך הולכת וקטנה הסבירות כי בגלולה קיימת אפילו מולקולה אחת של החומר. למעשה אין כאן תמיסה כלל – אין עוד זכר למומס ורק הממס נותר. באנלוגיה השאולה מהספקן ג'יימס רנדי: "הדבר דומה לטחינת גרגר אורז לפירורים, המסתו בכדור מים שגודלו כגודל מערכת השמש שלנו (כאשר מרכז הכדור הוא השמש, וקצהו המסלול של פלוטו), ואז חזרה על התהליך הזה כשני מיליארד פעמים". אחת הדרכים המרכזיות בהן מתמודדת ההומאופתיה המודרנית עם הבעייתיות שעולה מהדילול האגרסיבי היא הטענה כי למים יש מעין זיכרון. כלומר, גם כאשר החומר המקורי איננו קיים תכונותיו נותרות מוטבעות במולקולות המים.
יתר על כן, הגישה ההומאופתית מאמינה כי ככל שהחומר מדולל יותר כך התרופה חזקה יותר והטיפול יעיל יותר. להבדיל, לחומרים הפעילים המשמשים ברפואה וטוקסיקולוגיה מודרנית יש עקומת מנה-תגובה המראה באופן אחיד כי ככל שהריכוז (המנה) עולה כך עולה התגובה, לפחות עד גבול מסויים. המצב ההפוך בו דוגלת ההומאופתיה אינו מוכר ואין הסבר פיסיקלי או כימי המתיישב עם טענה זו.
מבחינה כימית תרופה הומאופתית אינה שונה ממים
מספר בעיות מיידיות עולות מהעקרונות המנחים של ההומאופתיה. בחינת החומרים על אנשים בריאים והקשה מכך על סגולותיהם לרפא חולים אינה מתיישבת בקנה אחד עם הידוע לנו על תרופות רבות שיעילותן כבר הוכחה, שאינן גורמות לסימפטומים אותם הן נועדו לרפא. למעשה, בטיפול הומאופתי נוצר לעתים מצב אבסורדי בו חומר מסויים משמש למטרה ההפוכה מהשפעתו הידועה לנו – למשל קפאין המשמש כבסיס לגלולת שינה. למרות שייתכנו מצבים בהם חומר הגורם לתופעה מסויימת עשוי להחלישה במינון נמוך, הדבר רחוק מלהיות עקרון אוניברסלי מקובל. נקודת תורפה רצינית יותר היא הרעיון לפיו דילול החומר הפעיל עד לרמה בה הוא לא קיים עוד בגלולה שומר בדרך כלשהי על תכונותיו של החומר המקורי, וכי כל דילול נוסף רק מגביר את יעילות התרופה. הרעיון כי המים "זוכרים" ומעבירים את הזכרון הזה למולקולות מים אחרות איתן הם באים במגע בעייתי גם הוא. המים בהם עושים שימוש ביצירת התמיסות ההומאופתיות נגעו באינספור מולקולות מים, שנגעו באינספור מולקולות מים אחרות במרוצת השנים. לפי הגיון זה ניתן לטעון כי כל המים על פני כדור הארץ זוכרים כל חומר איתו באו אי פעם במגע. אם כן, לא ניתן להסביר כיצד למעשה המים "זוכרים" רק את החומר אותו המס בתוכם ההומאופת במכוון, ולא את כל החומרים שבאו איתם במגע באופן לא מכוון במשך עידן ועידנים.
ההומאופתיה קיימת כגישה טיפולית מזה מאתיים שנה אך רק בעשורים אחרונים החלו ניסיונות למדוד את יעילותה בשיטות מדעיות, אותן שיטות בהן משתמשים כדי לבחון את יעילותן של תרופות קונבנציונליות. מחקר גדול אשר ביקשו לבחון את יעילות הטיפול האלטרנטיבי אסף לשם כך עשרות מחקרים בהם נבדקו תרופות הומאופתיות על חולים. החוקרים ביקשו לבחון האם קיים הבדל בין השפעתן של התרופות ההומאופתיות לאפקט הפלסיבו – כלומר, לתרופות דמה שהשפעתן על המטופלים היא פסיכוסומטית בלבד (לסרטון עם הסברים על אפקט הפלסיבו אתם מוזמנים להכנס לקישור הכל בראש - אפקט הפלצבו). תחילה מחקר זה מצא כי יש יש יתרון מסויים לטיפול ההומאופתי, אך בחינה מדוקדקת יותר העלתה בעיה: רובם המכרע של המחקרים בתחום הם באיכות ירודה ואינם מבוקרים כראוי, אך ככל שאיכות המחקר גבוהה יותר והקבוצה המשתתפת גדולה יותר כך התוצאות פחות ופחות חיוביות. מחקרים באיכות ירודה עלולים להיות מוטים בקלות ותוצאותיהם לא נחשבות אמינות, בעוד שהמחקרים הטובים יותר העמידו את השפעתן של תרופות הומאופתיות בספק. קבוצת חוקרים נוספת אף הגדילה לעשות ובמחקר דומה כל מחקר הומאופתי השווה למחקר בעל מאפיינים דומים מתחום הרפואה הקונבנציונלית. במקרה זה נשעה שימוש במחקרים בעלי אופי אמין יותר. החוקרים לא מצאו הבדל מהותי בין הפלסיבו לטיפול ההומאופתי, אך כן מצאו הבדל בינו לבין טיפול תרופתי קונבנציונלי. המסקה אליה הגיעו היא כי אין עדות אמינה ליעילותו של הטיפול ההומאופתי.
ניסויים שנערכו בשנים האחרונות מטילים ספק ביעילותן של תרופות הומאופתיות
ישנם הסברים אלטרנטיביים לשיפור במצבם של חלק מהמטופלים ברפואה ההומאופטית, פרט לאפקט הפלסבו. ישנן תנודות טבעיות בעוצמתם של סימפטומים לאורך תקופתן של רוב המחלות ואנשים רבים פונים לרפואה האלטרנטיבית בתקופות הקשות ביותר, בהן הסימפטומים חמורים ביותר. במקרה זה השיפור אינו תוצאה של הטיפול ההומאופטי, אלא של תהליכים טבעיים המתרחשים בגוף.הרק סמיכות הזמנים בין הפניה להומאופת לשיפור בסימפטומים היא הגורמת למטופל לייחס בטעות את האחד לשני. הסבר נוסף נובע מכך שהומאופתים רבים ממליצים למטופלים על שינוי באורח החיים לצד הטיפול התרופתי. פעילות ספורטיבית ותזונה נכונה עשויים בהחלט לשפר את מצבו הבריאותי והנפשי של כל אדם, בלי קשר לטיפול עצמו.
הסכנה ברפואה הומאופתית אינה נובעת מהטיפול עצמו – שמבחינה מדעית אינו שונה משתיית מים ונטילת תרופת דמה. הסכנה נובעת מכך שאנשים המקבלים טיפול הומאופתי עלולים שלא לפנות ליעוץ רפואי מתוך אמונה כי די בגישה ההומאופתית כדי לסייע להם. כך עשוי להווצר מצב בו אדם חולה אינו מקבל את הטיפול הרפואי לו הוא זקוק באמת, לאורך זמן, מאחר והוא תחת הרושם המוטעה כי הטיפול ההומאופתי הוא תחליף מוכח ויעיל. למרות שקיימים מחקרים הומאופתיים בעלי תוצאות חיוביות, בדיקת רוחב מדוקדקת של מחקרים אלו העלתה כי הם אינם מבוקרים ומנוהלים כראוי. המחקרים שנערכו בצורה הטובה ביותר הטילו ספק רציני ביעילות טיפולים מסוג זה, ועליהם לשמש איתות אזהרה מהסתמכות על הומאופתיה כגישה רפואית.
