נגיף הקורונה החדש, SARS-CoV-2, התפרץ לפני כחודשיים, אך בזכות קביעת הרצף הגנטי כבר יש בידי רופאים וצוותים רפואיים כלים לבצע אבחנה מהירה של חולים שנדבקו בנגיף.
במקרה של חשד להדבקה בנגיף הזה, בעקבות תסמיני מחלה אופייניים או חשיפה לחולה, נוטלים דגימה מהמטופל, לזיהוי הנגיף. הדגימה יכולה להיות נוזלים שנאספים ממערכת הנשימה (כגון ליחה או כיח) או דגימות מדרכי הנשימה העליונות (ריריות האף והגרון) שנאספות באמצעות מָטוֹש סטרילי.
הדוגמא מועברת למעבדה שם מפיקים ממנה חומצות גרעין. לנגיף הקורונה חומר גנטי מסוג RNA שמתפרק במהירות, לכן בשלב ראשוני יש לבצע תעתוק הפוך באמצעות אנזים מיוחד אשר הופך את ה-RNA ל-DNA.
כעת חומצות הגרעין שהופקו מהמטופל יועברו לבדיקה המכונה rRT PCR. בבדיקה זו משתמשים ברצפי פריימר (תחל) קצרים אשר מזהים באופן ספציפי מקטע מסוים מה-DNA שנוצר בשלב הקודם, על פי הגנום של הנגיף. אנזים שמוסיפים לחומר הנבדק משכפל עותקים רבים של המקטע הזה, מה שמגביר את רגישות הבדיקה גם אם הכמות ההתחלתית של הנגיף נמוכה. הבדיקה מתבצעת בנוכחות צבען מיוחד שנקשר לעותקים המשתכפלים ומאפשר זיהוי של הצבע בזמן אמת.
מזוהים בעזרת החומר הגנטי. שלושה נגיפי SARS-CoV-2 מגיחים מתוך תא, תמונת מיקרוסקופ אלקטרונים | קרדיט: NIAID-RML
יתרונות וחסרונות
לבדיקה זו יתרונות רבים: היא מהירה יחסית ותוך שעות אחדות מהפקת חומצות הגרעין אפשר לקבל תשובה ממכשיר ה-rRT PCR. מדובר בשיטה מהימנה המיושמת לאבחנה של זיהומים נגיפיים רבים, כגון HIV, חזרת, חצבת ועוד.
עם זאת, הבדיקה אינה מושלמת. לכל בדיקה יש טווח טעות, ונראה כי עבור הנגיף SARS-CoV-2 לבדיקת rRT PCR טווח הטעות הוא כ-3%. במקרים אלו, הבדיקה תניב תוצאה שלילית למרות שהנבדק אכן מודבק בנגיף.
ידועים מספר גורמים שיכולים להוביל לתוצאה שלילית שגויה.
ראשית, יש לוודא שהדגימה נלקחת ונשמרת כראוי עד הגעתה למעבדה. אחרת, הדגימה תתפרק או שלא תכיל מספיק חומר גנטי של הנגיף כדי לאפשר את זיהויו.
כמו כן, ייתכן שבשלבי הדבקה מוקדמים הכמות של הנגיף נמוכה ביותר ואינה מספיקה כדי לזהות אותו.
בנוסף, יש לזכור כי לעיתים קרובות הנגיף מדביק את דרכי הנשימה התחתונות, בעוד הבדיקה מסתמכת לרוב על דגימה ממערכת הנשימה העליונה. אמנם, בעקבות שיעול הנגיף מגיע גם לריריות האף והפה העליונות, אך ייתכן שהכמויות שלו שם יהיו קטנות מכדי לזהותו בצורה יעילה.
נקודת חולשה נוספת אפשרית היא הפריימרים - כשתכננו את הבדיקה ניסו החוקרים לבחור באיזור גנטי של הנגיף שאינו משתנה בקלות. אבל עדיין ייתכן שאותו אזור צובר מוטציות ומשתנה, ועל כן לא יזוהה בבדיקה באופן מלא.
למרות החסרונות, בדיקת ה-rRT PCR היא עדיין אחד הכלים הטובים ביותר לאבחנה של נדבקים בנגיף. ייתכן שיש צורך לחזור על הבדיקה כמה פעמים כדי לצמצם את האפשרות לתוצאה שלילית שגויה, או לבצע אופטימיזציה של הפריימרים לזיהוי מדויק יותר.
בנוסף, ייתכן שאפשר יהיה להתבסס על דימות של הריאות לביצוע אבחנה, שיטה שכבר מיישמים צוותים רפואיים בחוביי שבסין, מוקד ההתפרצות. בשיטה זו מתבססים על ממצאים רדיולוגיים אופייניים שנמצאים בריאות של מודבקים ב-SARS-CoV-2. עם זאת, לגישה זו מספר חסרונות שכן היא מצריכה ציוד דימות יקר ופענוח של התוצאות על ידי מומחה.