כיצד יודעים אם מי שנחשף לנגיף אכן נדבק בו? בעיקר על סמך בדיקה של חומר גנטי

נגיף הקורונה החדש, SARS-CoV-2, התפרץ לפני כחודשיים, אך בזכות קביעת הרצף הגנטי כבר יש בידי רופאים וצוותים רפואיים כלים לבצע אבחנה מהירה של חולים שנדבקו בנגיף.

במקרה של חשד להדבקה בנגיף הזה, בעקבות תסמיני מחלה אופייניים או חשיפה לחולה, נוטלים דגימה מהמטופל, לזיהוי הנגיף. הדגימה יכולה להיות נוזלים שנאספים ממערכת הנשימה (כגון ליחה או כיח) או דגימות מדרכי הנשימה העליונות (ריריות האף והגרון) שנאספות באמצעות מָטוֹש סטרילי.

הדוגמא מועברת למעבדה שם מפיקים ממנה חומצות גרעין. לנגיף הקורונה חומר גנטי מסוג RNA שמתפרק במהירות, לכן בשלב ראשוני יש לבצע תעתוק הפוך באמצעות אנזים מיוחד אשר הופך את ה-RNA ל-DNA.

כעת חומצות הגרעין שהופקו מהמטופל יועברו לבדיקה המכונה rRT PCR. בבדיקה זו משתמשים ברצפי פריימר (תחל) קצרים אשר מזהים באופן ספציפי מקטע מסוים מה-DNA שנוצר בשלב הקודם, על פי הגנום של הנגיף. אנזים שמוסיפים לחומר הנבדק  משכפל עותקים רבים של המקטע הזה, מה שמגביר את רגישות הבדיקה גם אם הכמות ההתחלתית של הנגיף נמוכה. הבדיקה מתבצעת בנוכחות צבען מיוחד שנקשר לעותקים המשתכפלים ומאפשר זיהוי של הצבע בזמן אמת.

שלושה נגיפי SARS-CoV-2 מגיחים מתוך תא, תמונת מיקרוסקופ אלקטרונים | קרדיט: NIAID-RML
מזוהים בעזרת החומר הגנטי. שלושה נגיפי SARS-CoV-2 מגיחים מתוך תא, תמונת מיקרוסקופ אלקטרונים | קרדיט: NIAID-RML

יתרונות וחסרונות

לבדיקה זו יתרונות רבים: היא מהירה יחסית ותוך שעות אחדות מהפקת חומצות הגרעין אפשר לקבל תשובה ממכשיר ה-rRT PCR. מדובר בשיטה מהימנה המיושמת לאבחנה של זיהומים נגיפיים רבים, כגון HIV, חזרת, חצבת ועוד.

עם זאת, הבדיקה אינה מושלמת. לכל בדיקה יש טווח טעות, ונראה כי עבור הנגיף SARS-CoV-2 לבדיקת rRT PCR טווח הטעות הוא כ-3%. במקרים אלו, הבדיקה תניב תוצאה שלילית למרות שהנבדק אכן מודבק בנגיף.

ידועים מספר גורמים שיכולים להוביל לתוצאה שלילית שגויה.

ראשית, יש לוודא שהדגימה נלקחת ונשמרת כראוי עד הגעתה למעבדה. אחרת, הדגימה תתפרק או שלא תכיל מספיק חומר גנטי של הנגיף כדי לאפשר את זיהויו.

כמו כן, ייתכן שבשלבי הדבקה מוקדמים הכמות של הנגיף נמוכה ביותר ואינה מספיקה כדי לזהות אותו.

בנוסף, יש לזכור כי לעיתים קרובות הנגיף מדביק את דרכי הנשימה התחתונות, בעוד הבדיקה מסתמכת לרוב על דגימה ממערכת הנשימה העליונה. אמנם, בעקבות שיעול הנגיף מגיע גם לריריות האף והפה העליונות, אך ייתכן שהכמויות שלו שם יהיו קטנות  מכדי לזהותו בצורה יעילה.

נקודת חולשה נוספת אפשרית היא הפריימרים - כשתכננו את הבדיקה ניסו החוקרים לבחור באיזור גנטי של הנגיף שאינו משתנה בקלות. אבל עדיין ייתכן שאותו אזור צובר מוטציות ומשתנה, ועל כן לא יזוהה בבדיקה באופן מלא.

למרות החסרונות, בדיקת ה-rRT PCR היא עדיין אחד הכלים הטובים ביותר לאבחנה של נדבקים בנגיף. ייתכן שיש צורך לחזור על הבדיקה כמה פעמים כדי לצמצם את האפשרות לתוצאה שלילית שגויה, או לבצע אופטימיזציה של הפריימרים לזיהוי מדויק יותר.

בנוסף, ייתכן שאפשר יהיה להתבסס על דימות של הריאות לביצוע אבחנה, שיטה שכבר מיישמים צוותים רפואיים בחוביי שבסין, מוקד ההתפרצות. בשיטה זו מתבססים על ממצאים רדיולוגיים אופייניים שנמצאים בריאות של מודבקים ב-SARS-CoV-2. עם זאת, לגישה זו מספר חסרונות שכן היא מצריכה ציוד דימות יקר ופענוח של התוצאות על ידי מומחה.

 

10 תגובות

  • יאיר

    מה בדיוק הבדיקה מאבחנת

    שלום וברכה ותודה על המאמר. האם הבדיקה שמבוצעת ברחבי העולם מזהה נוכחות כללית של קורונה או דווקא את הcovid-19? תודה רבה

  • יקי

    בדיקת נוגדנים לקוביד 19 בדם

    מהי הבדיקה הזו? קראתי שיש ערכות לבדיקה עצמית כזו, במה מדובר?

  • מוטי סויסה

    ברצוני לדעת אם המידע המצורף נכון

    תרגום ההודעה מאנגלית לעברית:
    היי לכולם, רציתי להעביר לכם מידע שהרופאים הסינים שנלחמו בנגיף חלקו עם צוותי הרפואה בספרד:
    "הסינים עכשיו מבינים את ההתנהגות של הוירוס Covid-19 תודות לנתיחות שבוצעו באנשים שנפטרו עקב הנגיף. הנגיף מתאפיין בחסימת דרכי הנשימה על ידי ליחה כבדה שהופכת למוצק וחוסמת את דרכי האויר ואת הריאות. הם גילו שבכדי שהתרופות והטיפול יעבדו חייבים קודם כל לשחרר, לפתוח ולמנוע את חסימת דרכי האויר, הבעיה היא שכל זה לוקח כמה ימים.
    ההמלצות להמנע ולהשמר מהנגיף הן:
    1. לשתות הרבה משקאות חמים (קפה, מרק, תה, מים חמים). ללגום לגימה של מים חמימים פעם ב-20 דקות. זה שומר על לחות בפה וכן שוטף כל וירוס שנכנס אל הקיבה, שם מיצי הקיבה מפרקים ומנטרלים אותו לפני שהוא יכול לפעול ומונעים ממנו להגיע לריאות.
    2. לגרגר חומר חיטוי עם מים חמימים (חומץ, מלח או לימון) בכל יום.
    3. הוירוס קושר את עצמו (נדבק) לבדים וכדומה, כל חומר ניקוי כביסה (דטרגנט) מנטרל אותו. לכן, כשכנסים הביתה מהרחוב, חייבים להתקלח במים חמים ולכבס את הבגדים (לא להתיישב, אלא מיד להגיע למקלחת). אם לא ניתן לכבס בגדים בכל יום, יש לתלות אותם באור שמש ישיר (דבר שגם מנטרל את הוירוס).
    4. לחטא משטחים מתכתיים ביסודיות, מפני שהוירוס שורד על משטחים אלו עד 9 ימים. שימו לב והיו זהירים במגע עם מעקות, כפתורי מעליות וידיות של דלתות. בבית אנו בטוחים שאתם יכולים לשמור על המשטחים הללו נקיים ולחטא אותם באופן תדיר.
    5. אל תעשנו
    6. לשטוף ידיים כל 20 דקות באמצעות כל סבון שיוצר קצף למשך 20 שניות ואז לשטוף את הסבון היטב.
    7. הרבו באכילת ירקות ופירות, זה מחזק את רמות הויטמינים וגם את רמות האבץ.
    8. חיות אינן מפיצות את הוירוס, אנשים כן. הוירוס עובר מאדם לאדם.
    9. נסו להמנע מלהדבק בשפעת נפוצה, הדבר מחליש את המערכת החיסונית. המנעו מאכילה ושתיה של דברים קרים.
    10. אם אתם חשים חוסר נוחות או כאב בגרון, טפלו בזה מיד באמצעות כל הסעיפים שהוזכרו למעלה. הוירוס נכנס כך למערכות ונשאר שם 3-4 ימים בתוך הגרון לפני שהוא עובר לדרכי הנשימה ולריאות.
    בהצלחה לכולם, שימרו על עצמכם והעבירו את המידע כמה שרק אפשר. המידע הזה אמין שכן הוא רק מרכז מידע שנאמר על ידי מומחים רבים בעולם.

  • מומחה מצוות מכון דוידסוןמאיה קאהן

    לא נראה אמין, מוזמן לקבוצה

    לא נראה אמין, מוזמן לקבוצה שלנו, זה נכון? שם כל הפייק צף אחוצה...https://www.facebook.com/groups/DavidsonOnline/?source_id=107114862672837

  • Amnon Portugaly

    טווח הטעות

    כפי שנכתב: " הבדיקה אינה מושלמת. לכל בדיקה יש טווח טעות" אבל צריך להבחין ביו שני סוגי הטעויות. שלילי מוטעה False Negative
    בו התשובה שלילית - שהנבדק אינו נשא של הוירוס, אבל זו טעות והנבדק נושא של הוירוס. חיובי מוטעה False Positive בו התשובה חיובית - שהנבדק נושא של הוירוס, אבל זו טעות והנבדק אינו נושא של הוירוס. לא ברור למה מתייחס טווח הטעות של כ-3% במאמר.

  • אנונימי

    טעות הבדיקה

    הסיכוי לFalse Positive בבדיקה מסוג זה זניחה, אלה אם כן היה זיהום כלשהו של הדוגמא במהלך השינוע או האיסוף או הבדיקה. אילולא יהיו מולקלות DNA ספציפיות של הוירוס בדוגמא, לא היה מתבצע שכפול של המידע הגנטי והבדיקה היתה נותנת תשובה שלילית. הפריימרים של הבדיקה נבחרים באופן כזה שיהיו ספיציפיים לוירוס.

  • אנונימי

    תשובה

    המאמר התייחס לטעויות מסוג false negative

  • לילי

    היי, הייתי רוצה לדעת איך

    היי, הייתי רוצה לדעת איך יודעים להעריך את כמות הנדבקים בעולם?
    התסמינים אופייניים לתסמיני השפעת ברוב המקרים, ולא כל חולה שמציג את התסמינים האלה עובר את הבדיקה הזאת.. אם אכן הבדיקה מבוצעת רק למי שנחשב בסיכון להדבקה, לא הגיוני שמספר הנדבקים גדול בהרבה מהמספרים המדווחים?

  • אנונימי

    מספר הנדבקים האמיתי- דיגום אקראי

    ניתן לאמוד את שיעור ההדבקה האמיתי על ידי דיגום אקראי של האוכלוסייה וביצוע הבדיקה

  • אנה

    אכן

    כמות הנדבקים מתייחסת רק למספר המקרים המאובחנים. כרגע לא יודעים להעריך מה המספר האמיתי.