התאמת רצף היא דרך לסדר רצפים של דנ"א, רנ"א או חלבון על מנת לזהות אזורי דמיון. אזורי הדמיון האלו עשויים להיות תוצאה של קשר תפקודי, מבני או אבולוציוני בין הרצפים. על פי התאמה כזאת יכולים ביולוגים ללמוד על מוצא אבולוציוני, לזהות אזורים פונקציונליים חשובים ולזהות אירועי מוטציה. ויותר מכך ביולוגים יכולים לזהות כך גם את המקור של מחלות גנטיות.

Phylo הוא משחק שהוא גם ממשק המשתמש בכוח החישוב האנושי לצורך פתרון בעיה נפוצה: התאמות של רצפים מרובים. כשאתם משחקים ב-Phylo, אתם לא רק נהנים אלא גם תורמים למחקר. להפעלת המשחק לחצו על התמונה.


היישומון הופק ע"י Jérôme Waldispühl ו-Mathieu Blanchetten מאוניברסיטת Mcgill ותורגם בידי צוות אתר דוידסון אונליין.
לאתר המשחק Phylo בעברית

באופן מסורתי, אלגוריתמים (רצפים של צעדים שנועדו לאפשר פתרון של בעיה) להתאמת רצפים מרובים משתמשים בשיטות מסובכות מאוד, שלמרבה הצער אינן מבטיחות התאמה אופטימלית ורחבה. הסיבה לכך היא שמסובך מאוד ויקר מאוד להתקרב להתאמה המירבית, בשל גודלו העצום של הגנום האנושי המכיל כשלושה מיליארד בסיסים, ובגלל המורכבות שמוסיף להתאמה כל רצף חדש שאנו מכניסים אליה.

בני האדם פיתחו את היכולת לזהות תבניות ולפתור בעיות חזותיות באופן יעיל ואינטואיטיבי, שלא פעם עולה על היכולת של המחשב. אף ש-Phylo נראה כמו משחק רגיל, למעשה הוא ממשק שמשתמש בכוח החישוב האנושי הזה לצורך פתרון בעיה נפוצה התאמת רצפים מרובים.

על ידי פישוט של התאמות מרובות רצפים באמצעות צבעים וצורות התאימו מחברי המשחק את המשחק כדי ליהנות בצורה מיטבית מהיכולות האנושיות. על ידי איסוף הנתונים שהותאמו קודם לכן בעזרת אלגוריתם ממוחשב רגיל, המשחק מאפשר למשתמש לשפר את התוצר במקומות שבהם האלגוריתם נכשל. למעשה, כל ההתאמות מכילות אזורים של  דנ"א אנושי שעל פי ההשערה קשור למחלות גנטיות שונות, למשל סרטן השד. כל התאמה מתקבלת, מנותחת, ונשמרת במאגר המידע, שיוזן לבסוף בחזרה להתאמת הרצף הכוללת כעוד שיפור ברצף הגנום. כל הרצפים זמינים במאגר המידע הגנומי UCSC.

ארז גרטי
המחלקה לכימיה ביולוגית
מכון ויצמן למדע



הערה לגולשים
אם אתם חושבים שההסברים אינם ברורים מספיק או אם יש לכם שאלות הקשורות לנושא, אתם מוזמנים לכתוב על כך בפורום ואנו נתייחס להערותיכם. הצעות לשיפור וביקורת בונה יתקבלו תמיד בברכה.

0 תגובות